本学の芸術資料収集は、 明治20年(1887)の東京美術学校設置に先立つ時期から行われてきました。 現在の収蔵品は3万件余りに達しています。 これらの芸術資料は、文庫と呼ばれた図書館内に納められていました。

昭和24年(1949)には東京美術学校と東京音楽学校が統合され、東京藝術大学が設置されます。 その後も収蔵品は付属図書館が管理し、教育研究に供してきました。 昭和45年(1970)に芸術資料部門が独立し、音楽学部に保管されていた音楽学校時代の楽器資料等を加え、 芸術資料館が発足し、美術・音楽両学部の共同利用機関として、 芸術資料の研究・保存・公開のために活動を続けてきました。

しかしながら所蔵品の増加にともなって収蔵庫が狭隘になり、 また老朽化した施設の改善やコレクションの規模に見合った充分な展示空間への要望が学内外から高まったことから、 平成8年（1996）に美術館新館が着工されるにいたりました。 そして平成10年（1998）には、美術館としての活動を発展させるべく、 これまでの組織を拡充して、芸術資料館から大学美術館へと生まれ変わったのです。

美術作品やそれに関わる資料を収集し、それらを研究することによって新しい価値を見出す。 さらに将来の評価にも備えて万全の設備によって保存し、研究の成果を展示や様々な普及活動によって公開する。 美術館はそのような活動によって運営されています。 東京藝術大学の大学美術館においては、そういった活動に加えて、 制作と教育研究の現場である芸術大学という特質を合わせて、 わが国に前例のない実験的な美術館として機能することを基本理念としています。